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[医学相关] 医学大数据挖掘系列课程

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admin 发表于 2020-5-15 19:54:09 | 显示全部楼层 |阅读模式 打印 上一主题 下一主题
【课程目录】:0 F9 X) b, t$ J; `3 a1 n) m
─1 识别单基因家族在癌症中预后作用
' y, F, C+ O5 E+ E2 `, d- S0 k│      课时01.分析流程概述.avi
) h$ j. D$ O9 J+ N: u, U. P! {: H│      课时02.在线工具简介.avi
$ G2 \) n" R; @& A! O7 w│      课时03.基因家族预后作用的识别.avi
+ o: `4 ]. Y+ s) L7 j! |│      课时04.识别基因家族在癌症中的预后作用--资料.swf
0 @- H' u' C4 M' A8 ?+ C% T│      资料.zip3 ^! @* k* r) b' O9 O6 X% [: Y; L
│      
% ?! n9 C1 V! R; w8 \├─2 识别DNA甲基化生物标志物- L& i; N$ G" Z; G6 y
│  │  课时01.分析流程概述.avi
; Q- T4 a+ k- W- k& a│  │  课时02.数据获取及预处理.avi4 y  ^) l! S% z- F! g& e- z- |7 v) N( F) w
│  │  课时03.差异基因和甲基化的获取.avi6 {, H: R" M' V+ s3 y
│  │  课时04.关键模块的识别.avi2 j. I2 o1 m  |0 n. {" U4 K
│  │  课时05.生存相关基因和甲基化的识别.avi; n% n  e# u' V& m' a+ `; {1 j! }
│  │  课时06.识别DNA甲基化生物标志物(代码讲解).avi
, Y7 ]% w* U7 i│  │  课时07.左下角-参考资料.swf: w% k: m0 W7 A
│  │  " `1 ?: a0 i$ l3 j: j
│  └─DNA甲基化标志物-代码和资料9 E) \% h) d* a$ R( V2 K# `
│      │         
* Z; m% x; R, M1 [& t( e. c: m│      └─程序" L) \8 @3 |4 P: Y5 P  R
│              1-DataProcess.r
, _4 S- c# p! `0 n+ d. P│              2-DifferentAnalysis.r
. i: {( [  ~% n1 N! s│              3-WGCNA.r
) p" l  f! H- l, r; R. j0 l" v│              4-Survival.r
/ W" }- Q5 S, a; G; x│              
/ ~+ o1 J" L( s8 w4 G# q├─3 识别自噬相关的预后标志物% Q5 x- H0 r) G6 H. U
│  │  课时01.Part1&分析流程概述.avi) u* L. ?: S9 b8 \  Q
│  │  课时02.Part2&数据获取及预处理.avi5 g6 f; z" t0 c, u; }7 }0 j
│  │  课时03.Part3&自噬基因表达模式的识别.avi
) t: L1 S0 H; D│  │  课时04.Part4&自噬相关风险标记的识别.avi
2 |4 B* R% t8 w- `) w% y. m3 [│  │  课时05.Part5&自噬相关标记与临床信息的相关性.avi8 R& }& g' q. T
│  │  课时06.Part6&独立预后标志物的识别.avi
* e/ }5 s$ v. `2 l% h│  │  课时07.Part7&独立预后标志物的验证.avi  k% [& N0 r; D$ E' l0 _
│  │  课时08.Part8&癌症预后风险预测.avi/ S" ^0 l1 X# p9 {) K
│  │  课时09.Part9&风险标记与基因突变的相关性.avi
" i$ u3 Y6 ]2 r│  │  课时10.识别自噬相关的预后标志物-程序讲解.avi
1 J* y- i! b  C8 A# ~# w│  │  课时11.左下角-参考资料.swf4 h; t2 I/ m- @- {: t' E
│  │  
+ s+ `2 N% n) T4 ]│  └─识别自噬相关的预后标志物5 o+ E2 D/ T7 H
│      └─资料+ R% @- r2 t; X$ `1 N1 }  u
│          ├─数据
  w% l0 Z' x' m. G' _│          │              
7 x! C# R6 j1 Y+ O% p! {. R│          └─程序
' l8 s; h2 E; T│                  3个独立集验证.R
& A" i% K" \$ C1 f3 W│                  Cox.R
) S, y+ K7 C. |- B│                  gsea-3.0.jar! j0 i9 M5 X- P6 |) p
│                  数据预处理.R* m) q* p* A' S6 n
│                  独立预后因素.R2 K9 z) g* I8 f. p) E" @0 a7 N
│                  诺模图and校正曲线.R
1 U1 q/ S# T7 z1 t: O9 j│                  风险标记与基因突变.R7 t$ k  g5 \# a7 ?  H* G2 d6 O# s/ P
│                  高低风险组与临床信息.R
0 |  `, j! L$ g3 R4 j) T, |; w  ?│                  / b9 k7 v9 D$ W
├─4 基因表达甲基化识别肿瘤预后因子
+ t/ |* {  `* h- `4 r0 o, ?│  │  课时01.Part1&分析流程概述.avi1 Q4 d' k; i7 @  b! {5 q
│  │  课时02.Part2&数据获取及预处理.avi# G! p# G: F$ Y& v0 e; F
│  │  课时03.Part3&差异表达差异甲基化基因的获取.avi
- |, `- o* w& |  ^% e$ K8 e│  │  课时04.Part4&预后相关差异基因的识别.avi5 `6 ^  j( {# y( A. j  ?
│  │  课时05.Part5&DLL3基因表达水平验证.avi
; H0 N9 N: s/ K2 N│  │  课时06.基于基因表达和甲基化分析识别肿瘤预后因子(代码补充).avi
6 Y3 c  i1 M& N  t│  │  课时07.代码和资料见pc端左下角参考资料.swf
3 s/ b2 O5 \, L# K│  │  * D. J2 B1 u; y; J' K; a
│  └─基于基因表达和甲基化分析识别肿瘤预后因子联合分析+ u2 P# a, k) x+ I
│      └─资料/ T/ w4 L" M" e/ x* N' D
│          ├─数据* r  b" R: M+ e/ h
│          │  │      
& ^- M! M3 w! L; ^6 g6 v( ^5 G( \7 P│          │  └─生存% P0 C1 _' y( g- ^# y3 H% p8 m
│          │          CGGA_methylation_OS.txt
+ V* n% j& N. x. m8 Z│          │          CGGA_mRNA_micro_OS.txt6 N0 p  {. x" r: ^  T* A4 Z
│          │          diff_methylation.txt
# g9 \/ L( D3 |$ l│          │          diff_mRNA.txt2 h1 _6 H6 N" Q- O# T+ y
│          │          methy_cox_gene_0.05.txt
: ^6 m# W' M; q: C3 M1 }" e│          │          methy_diff_gene.txt
- l9 m8 e2 F/ A( z! k- [  p$ Q│          │          mRNA_cox_gene_0.05.txt, i" C/ o+ t- j2 `, p
│          │          mRNA_diff_gene.txt' E% ^7 a3 Z: v+ v9 f& Z
│          │          mRNA与生存数据合并+生存分析.R( W; q+ C* ]: B0 l1 s6 H' G. m
│          │          TCGA_clinical_gene.txt& f* B- q$ _# M4 v
│          │          TCGA_cox_gene_0.05.txt' o) P. Y& b; l& y+ P; g& w( j2 |) F
│          │          TCGA_GBM_Clinical.txt! c& W: i) |. O% _; n
│          │          TCGA_microarray.txt
5 h' I% M1 d9 p! q# ?* `" v1 o+ S% I│          │          TCGA生存分析.R
4 O% ~( t0 F2 q$ j. a0 i4 C│          │          基因甲基化谱与生存数据合并+生存分析.R
9 F* M4 }# \4 ?# V( r│          │          差异表达差异甲基化取交集+mRNA表达谱整理.R
2 \: Z2 t) `! q9 U/ q- q& \5 b│          │          差异表达差异甲基化取交集+甲基化谱整理.R4 {0 t0 ]* X4 v* ~& u
│          │          表达和甲基化生存相关的基因取交集+TCGA数据整理.R* Z) |+ u2 D8 s9 N/ q' K; n
│          │          说明文档.docx* D1 F8 s% o% f! y$ g2 V# x" }) @( A
│          │          " o, p7 E, Q0 u
│          └─程序- A0 k$ q  c) `
│                  1-数据预处理.r
8 G; Z  y" t- ]* G/ e- n, {│                  2-关键基因筛选.r
8 h4 s7 J! R# C9 f2 I# W) x│                  3-关键基因验证.r% S1 G! z/ N- c3 A, Z6 ^
│                  
, S% V" a" x+ W+ j, h+ f" C4 n. q, c├─5 癌症亚型间特异基因表达突变模式9 e9 `' g% A0 N  M4 }3 Q
│  │  课时01.Part1&分析流程概述.avi$ {! Y5 h" H! D' \& r  J
│  │  课时02.Part2&数据获取及预处理.avi! s9 Y/ }, `, H2 q8 _( t& R
│  │  课时03.Part3&识别分子亚型.avi; ?! j1 F0 _: `8 N
│  │  课时04.Part4&亚型特异性基因获取.avi; w0 c( f, }6 \
│  │  课时05.Part5&亚型的生物学过程.avi2 i: D/ t3 C% ~% T
│  │  课时06.Part6&亚型特异性体细胞突变.avi0 V7 [* Q* N' X0 t) q+ S
│  │  课时07.Part7&亚型的生物标志物.avi$ g+ b2 f9 O* e# N2 R* }7 K  c
│  │  课时08.Part8&GEO数据集验证.avi
/ k6 M& f, B  c$ b. D# L  \│  │  课时09.识别癌症亚型间特异性基因表达和突变模式(程序补充).avi
& l" V# ]) |& E% q4 q* ~4 G' A│  │  课时10.见本课程pc端左下角参考资料.swf# |% M  j7 j5 h/ `  `
│  │  
$ Y8 h* i. h7 z( Z* o0 y│  └─生信套路分析-识别癌症亚型间特异性基因表达和突变模式
* ?7 l6 g, |' K2 j4 a' w│      └─资料3 E6 A! k/ }, b" c
│          ├─数据
! {, v4 h0 X/ R4 `1 E│          │          . U9 L4 b; X9 P' n! T/ }  A
│          └─程序
0 P! D. W  s! E2 h7 b9 h$ q  j│                  代码.R
$ ~( c8 v6 ^5 i  \5 F- E5 t│                  / g% k: J( I. _+ J
├─6 多组转录组筛选癌症预后标志物
: v, M" I' ?# E, T│  │  课时01.Part1&分析流程概述.avi
( g: o" e* b; z" b. `% I* I! N! E5 J│  │  课时02.Part2&数据获取及预处理.avi1 P! `9 n5 ?0 V4 u
│  │  课时03.Part3&批次效应校正及效果评估.avi  a8 ~5 ]+ d" u9 b; I
│  │  课时04.Part4&差异表达分析.avi
$ y# E" \" v6 k( R, x+ {! O│  │  课时05.Part5&生存相关基因的识别和验证.avi* Z# U& U1 a; c7 O, n8 M
│  │  课时06.联合多组转录组数据筛选癌症预后标志物讲解.avi
6 ?1 e8 o5 b* U/ \( B1 d│  │  课时07.数据和代码下载见pc端左下角参考资料.swf) a& J6 R( R, X
│  │  / \4 o" f. G! w; _! B) \8 ]2 D
│  └─多组转录组筛选癌症预后标志物; c) ?7 Y0 [" f
│      │  2ENSG.zip8 u8 |- P& _8 \" l# n, a
│      │  RMA.zip' w8 X7 _' U3 o7 j5 F1 R
│      │  数据.zip& s# Q6 t( E0 _' u1 d, i+ e$ W4 b( {
│      │  
- S5 s4 O  ~' `) @│      ├─数据预处理/ G* e# F6 Y; r
│      └─最终程序  [5 n  G* E( \# s0 {
│              1.数据预处理+去批次.R0 S  ~$ g8 @8 d  K( R5 w/ w; T
│              2.探针匹配+基因组重注释.R
3 y! r' Z  ?; G4 O5 ~│              3.验证批次效应:主成分分析.R2 H* k1 ?/ f! E: ~6 p
│              3.验证批次效应:热图.R
9 R8 H! P2 P( {, {│              3.验证批次效应:线性回归.R
  O- ^& z+ K: p# g' H: M│              4.差异表达.R
3 ^+ H; q6 x4 w& g) O7 U│              5.利用TCGA数据对单cox结果验证.R# ]* F( k/ D. g3 j, z8 m& t4 m
│              5.利用正常样本对单cox进行验证.R
+ o7 g, w8 C1 n3 q│              5.单因素生存内部交叉验证.R* l5 x) }! m3 s
│              5.单因素生存分析.R
# }2 l& V! R! X. M- m& O7 ^│              6.多cox生存分析.R* r: G7 y# m8 }) R9 a' A* q
│              
, O" N# {: ~* I1 m, o  h6 ?└─7 识别癌症lncRNA预后标志物/ @# K9 ?" A5 s0 P: A6 a
    │  课时01.Part1&分析流程概述.avi3 \+ P2 a# H7 X7 F, r8 \  F& l
    │  课时02.Part2&数据获取及预处理.avi
! q( u3 k5 Z+ X$ a& z$ S4 w    │  课时03.Part3&差异表达lncRNA的获取.avi
3 U6 \4 u# ]" J1 N' W4 d    │  课时04.Part4&预后相关lncRNA的识别.avi
. v  N4 x* s0 j# J  t* Q    │  课时05.Part5&lncRNA验证及功能分析.avi& q" ~, \1 k+ r5 o6 `- m) y& N. i
    │  课时06.基于lncRNA表达谱识别癌症潜在预后标志物(代码补充).avi
0 Y3 P2 ^' K  E: L7 S4 T9 v3 @    │  课时07.见本课程PC端左下角参考资料.swf
  P3 b  ]! p" B) K    │  % i" Y; g6 W$ ]
    └─lncRNA3 H5 T$ y; _2 y% V& z8 `% ]
        └─资料$ V- w3 O, ?( N$ ~( O
            ├─数据9 t9 r1 z; |3 d5 I% i* N
            │         
! s# d  P; I' L& t" F7 C            └─程序4 |" ^1 `8 i+ Y- k* s; B' h
                    1-探针表达谱到lncRNA标准化表达谱.R- S8 C1 _9 e. |4 I
                    2-limma.R3 {6 R6 F( C+ b" q' X
                    3-LASSO.R1 n) Q. c. Q! I
                    4-LASSO-lncRNA对GSE打分.R5 q  X; a$ _& N
                    5-生存分析.R
9 Y9 f. J0 d, q6 a* p( }3 y
) D( f4 b3 o1 l1 U6 d! w# C3 G7 n
. r+ j( S2 Z9 ?6 f1 W+ T; `8 E" J7 c  Q7 P; v
【课程下载】:/ o" S7 ]" p2 E9 x( b7 E
游客,如果您要查看本帖隐藏内容请回复
$ R1 \; T1 x% P$ c% H9 r: Y
+ \0 M; y$ }6 H1 z5 F  m

, L- e2 ]3 X! j$ ?( P- L. [  r" l

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